En el año 2004, la UC participó en el proyecto piloto de acreditación institucional de la Comisión Nacional de Acreditación de Pregrado (CNAP), obteniendo la certificación máxima: 7 años en las 6 áreas acreditables en esa época (docencia de pregrado, gestión institucional, docencia de postgrado, investigación, vinculación con el medio e infraestructura y equipamiento).
El año 2011, la Universidad se sometió al proceso de reacreditación con la Comisión Nacional de Acreditación (CNA), organismo creado a partir de la Ley de Aseguramiento de la Calidad de la Educación Superior. Como resultado, la UC fue acreditada nuevamente por el máximo período y en todas las áreas (5, ya que infraestructura y equipamiento dejó de ser un área de acreditación).
El año 2018 se desarrolló el tercer proceso de acreditación institucional que culminó con una nueva acreditación por 7 años.
La acreditación institucional es un proceso obligatorio para las instituciones de educación superior autónomas, el cual se realiza ante la Comisión Nacional de Acreditación (CNA).
La acreditación institucional consiste en la evaluación y verificación del cumplimiento de criterios y estándares de calidad, los que se refieren a recursos, procesos y resultados; así como también, el análisis de mecanismos internos para el aseguramiento de la calidad, considerando tanto su existencia como su aplicación sistemática y resultados, y su concordancia con la misión y propósito de las instituciones de educación superior.
La acreditación institucional tiene un carácter integral y considera la evaluación de la totalidad de las sedes, funciones y niveles de programas formativos de la institución de educación superior, y de aquellas carreras y programas de estudio de pre y postgrado, en sus diversas modalidades, tales como presencial, semipresencial o a distancia, que hayan sido seleccionados por la Comisión para dicho efecto. El proceso de acreditación institucional contempla tres etapas: (i) autoevaluación institucional, (ii) evaluación externa y (iii) pronunciamiento de la Comisión.