En el año 2004, la UC participó en el proyecto piloto de acreditación institucional de la Comisión Nacional de Acreditación de Pregrado (CNAP), obteniendo la certificación máxima: 7 años en las 6 áreas acreditables en esa época (docencia de pregrado, gestión institucional, docencia de postgrado, investigación, vinculación con el medio e infraestructura y equipamiento).
El año 2011, la Universidad se sometió al proceso de reacreditación con la Comisión Nacional de Acreditación (CNA), organismo creado a partir de la Ley de Aseguramiento de la Calidad de la Educación Superior. Como resultado, la UC fue acreditada nuevamente por el máximo período y en todas las áreas (5, ya que infraestructura y equipamiento dejó de ser un área de acreditación).
El año 2018 se desarrolló el tercer proceso de acreditación institucional que culminó con una nueva acreditación por 7 años.
